正當全球專心防疫之際，台灣內部卻為「新冠肺炎」名稱引發矛盾，政府官員堅持以「武漢肺炎」作為官方述語，引發部份學者和在野黨擔心，民進黨政府趁機「羞辱」大陸，疫情過後將引發兩岸另一輪磨擦。

　　在疫情爆發之初，大陸傳媒和官方為了方便，短暫使用「武漢不明肺炎」稱呼。但隨著世界衛生組織，依照2015年一些相關國際組織命名的規範，認為是具有歧視性的用語，建議停上使用之後，世界各國陸續採用「新冠肺炎」。當然，美國總統特朗普因為對北京不滿，一度使用「中國病毒（Chinese Virus）」字眼，甚至美國國務卿蓬佩奥在七大工業國會議（G7）堅持要用「武漢肺炎」來寫公報，但遭其他國家群起反對。現在看來，連特朗普都不再使用這些刺激性稱呼，全世界就剩下台灣和一些親綠傳媒大用特用。

　　最具指標的，首推台灣中央流行疫情指揮中心指揮官陳時中，堅稱使用「武漢肺炎」是比較順口的講法，並沒有歧視的意思。行政院長蘇貞昌在立法院接受質詢時指稱，俗稱「武漢肺炎」的COVID-19疫情，當時就是從中國武漢開始，其實很多病都有地名。他認為，中國對自己太沒自信。在總統蔡英文和高官們一講再講下，「武漢肺炎」儼然成為當地對疫情的法定稱呼。

中央流行疫情指揮官陳時中認為，「武漢肺炎」講法沒有歧視意思。

行政院長蘇貞昌指「武漢肺炎」是從中國武漢開始，很多病都有地名。

　　政治人物的解釋是，採用「武漢肺炎」可以讓台灣人很容易理解。雖然有點貶低台灣民眾的智商，但在野黨也無法證明這是存心歧視的用語。然而如果綜合民進黨政府，對於疫情的其他政策觀察，是否歧視顯而易見。

　　3月29日，第一架「類包機」從上海浦東機場接回一百五十多名台胞，軍方如臨大敵派出化學兵部隊，幫所有乘客、行李和飛機消毒。連續兩天把「類包機」乘客，強制送往集中隔離檢疫14天。

　　台北市長柯文哲指出盲點，大陸坐「類包機」回來的台灣人，全部要關在同一地方集中檢疫，但是歐美回來不需要，只須回家自我檢疫14天。他指，現在統計數字來看，紐約比武漢還危險，所以應該要有統一的標準，不管是對中國抑或對美國，要回復到科學的根據，標準一樣。根據台北市政府公布的數字，1月份到現在，美國來台的確診率排第一，其次是英國，中國大陸反而沒有預期高。

　　雖然美國病例數目攀登世界第一，但台灣並未將住在紐約的台胞標註，禁止入境。相反的，4月8日武漢即將解封，但目前在武漢台胞全部被移民署註記，也就是俗稱的「黑名單」，除了包機之外，禁止自行返台，理由是怕他們帶危險的病毒回來，讓醫療體系崩潰。

　　另一個被部分傳媒認為歧視的指標，是蔡英文4月1日宣布，捐贈國際疫情嚴重國家一千萬個口罩，其中包括給美國的200萬個，以及歐洲的700百萬個，剩下的是給邦交國。當傳媒兩度當面詢問蔡英文，捐贈是否包括大陸時，蔡英文都沒有正面回應。

蔡英文向國際捐贈的一千萬個口罩，捐贈對象並未包括大陸。

　　在台灣政壇使用「武漢肺炎」，才能顯示自己是主流，使用「新冠肺炎」往往被網民和綠營譏諷為「舔共」。然而，包括：英國首相約翰遜、德國總理默克爾，法國總統馬克龍都堅持使用「新冠肺炎」，難道他們集體「舔共」？

　　台灣多年來一直爭取加入世界衛生組織，卻對WHO使用的官方名稱置若罔聞，從這個稱呼來看，台灣並未跟上世界潮流。